阮毓崧的《重订庄子集注》，采用了王先谦、马其昶式的集解方式，从前人注说中采集比较合乎《庄子》原意的解释，以及清人对于《庄子》字音字义的考证，在此基础上附上自己的案语，以贯通《庄子》原文，理解《庄子》原书的本来意旨。阮氏重视唐代以前《庄子》的音义解释和清乾嘉学派的对《庄子》的考证和疏解，宋、明人的解说基本上没有采纳。与前人不同的是，阮氏特别注意《庄子》原书中的用韵情况，他根据宋代吴棫的《韵补》、清代顾炎武的《唐韵正》、江永的《古韵标准》，将《庄子》原文中的押韵之字挑选出来，缕列于页栏上方，自称是从来未有之例，可谓此书的一大特色。阮氏这部《重订庄子集注》，善于总结继承陆德明以来的《庄子》集注集解集释类著作，吸取诸家对于《庄子》注释的合理与可信之处，再根据自己的理解对《庄子》的整体文意加以融会贯通，而不是只就字句进行孤立的考证，由此形成了对于《庄子》全书义旨的完整解释。