《焚书注》以中华书局1957年《焚书·续焚书》合刊本为底本，在参照多种明刻本进行文字校刊的同时，对书中有关儒释道思想及用语，对有关历史事件的背景，对有关人物的生平事迹及朋辈交游，以及有关典章制度、地理沿革、难懂词语等，也都尽力予以解释。同时，对所依之书也细心加以考核与查对，纠正了以往的以讹传讹。